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本系大學部學生分為物理組與光電物理組，而研究所碩士班學生則分物理組、應用物理組及光電物理組。 在課程設計上，一、二年級課程多屬必修，其中普通物理、普通物理實驗、理論力學、電磁學及實驗物理課程是作為其他專門課程的知織基礎。三年級起，除少數必修課外，所有課程皆為選修。 本系學生畢業時須修滿一百三十學分，成績優異的學生可以提前在三年內畢業，也可經由甄試直升本系碩士班。 由於選課極具彈性，導師會針對學生的志趣及過去修課情形，指導學生於本系內或他系的課程中作最佳選擇，以期對畢業後的發展有所助益。 清大物理系(大學部) 96年度上學期課程選修的建議與引導 大學部專業必修課程--物理組與光電物理組比較表   物理組 光電物理組 一年級 普通物理(一二)、普通物理實驗(一二) 普通化學(一二)、普通化學實驗(一二) 微積分(一二) 二年級 上學期 理論力學(一)、電磁學(一)、實驗物理(一)、應用數學(一)或高等微積分(一) 二年級 下學期 理論力學(二)、電磁學(二)，實驗物理(二)、應用數學或高等微積分(二) 理論力學(二)、電磁學(二)、應用數學或高等微積分(二)、應用電子學與實驗(一) 三年級 上學期 量子物理(一)、熱力學(一)、近代物理實驗(一) 量子物理(一)、熱力學(一)、光學(一)、應用電子學與實驗(二) 三年級 下學期 量子物理(二)、熱力學(二) 量子物理(二)、光學(二)、光學實驗(一)